Μετά την εγκατάσταση στη Βοιωτία των Αρναίων Βοιωτών από τη Θεσσαλία, (λεπτομέρειες στο θέμα ΑΡΧΑΙΟΤΗΤΑ-ΠΡΟΪΣΤΟΡΙΚΗ ΠΕΡΙΟΔΟΣ-Βοιωτοί) και την φυγή των περισσοτέρων ευγενών από τον Ορχομενό, αρχίζει η σταδιακή εξασθένισή του.

   Οι Βοιωτοί καταλαμβάνουν και τη Θήβα, και στα 1100 π.Χ. προσπαθούν να υποτάξουν και την Αττική. Ηττώνται όμως στην Πάνακτο και στο εξής η κυριαρχία τους περιορίζεται από τη Χαιρώνεια μέχρι τον Ωροπό, και από τον Ευβοϊκό κόλπο μέχρι τον Κιθαιρώνα. Η κυριαρχία των Αρναίων Βοιωτών παγιώνεται και ανακηρύσσουν τη Θήβα πρωτεύουσα. Αργότερα ολόκληρη η Βοιωτία εντάσσεται στο "Κοινό των Βοιωτών" και αποτελεί κράτος ισχυρότατο. Οι πόλεις περιστειχίζονται και οργανώνουν ισχυρό στρατό.

   Ο θεσμός της βασιλείας καταργείται και δημιουργούνται αυτόνομες πόλεις με αριστοκρατικό πολίτευμα. Οι πόλεις συνδέονται μεταξύ τους με τη Βοιωτική Ομοσπονδία, όπου βέβαια αρχηγός είναι η Θήβα.
                                                                                                          

   Την τύχη αυτή ολόκληρης της Βοιωτίας ακολουθεί και ο Ορχομενός που δεν ονομάζεται πλεόν Μινύειος αλλά Βοιώτιος. Είναι η δεύτερη, μετά τη Θήβα πόλη στο Κοινό των Βοιωτών, όπου συμμετέχει με 2 Βοιωτάρχες και 120 αντιπροσώπους μέχρι το 510 π.Χ. Ανήκει στις Μεγάλες και Ελεύθερες πόλεις, έχει τη δική του Βουλή και έχει στη δικαιοδοσία του τη Χαιρώνεια, την Ασπληδόνα, τους Όλμωνες, τον Υηττό, την Τεγύρα και τους Κύρτωνες.

   Σ' αυτό το χρονικό διάστημα ο Ορχομενός συμμετέχει και στη ναυτική αμφικτυονία της Καλαβρίας (Πόρου) μαζί με άλλες 7 ναυτικές και εμπορικές πόλεις. Άλλο ένα σημάδι ακμής και προσπορισμού πλούτου.
                                                                                                          

   Γύρω στο 750 π.Χ., όταν πέθανε ο Ησίοδος, ο Ορχομενός ερημώνεται από μεγάλη επιδημία. Κατά τον χρησμό της Πυθίας η επιδημία θα σταματήσει εάν μεταφερθούν τα οστά του Ησίοδου στον Ορχομενό. Αναζητούν λοιπόν και βρίσκουν τον τάφο του στην Άσκρη ( κατ' άλλη εκδοχή στη Ναυπακτία), μεταφέρουν τα οστά και τα θάβουν κοντά στον τάφο του Μινύα που βρισκόταν στο κέντρο της αγοράς του Ορχομενού. Έτσι οι Ορχομένιοι με καμάρι δείχνουν, μέχρι και τα χρόνια του Παυσανία, τον τάφο του μεγάλου ποιητή. Κατά τον Παυσανία στον τάφο του Ησίοδου ήταν γραμμένοι στίχοι του Ορχομένιου ποιητή Χερσία.

   "Πατρίδα του Ησίοδου ήταν η Άσκρη με τα πολλά σπαρτά,
αλλά σαν πέθανε τα κόκκαλά του δέχτηκε
η γη των εξαίρετων καβαλάρηδων Μινυών.
Η δόξα του στην Ελλάδα θα είναι μεγάλη,
σαν γίνει κριτήριο για τους ανθρώπους η σοφία".

   Το περιστατικό αυτό δείχνει επίσης την αγάπη και εκτίμηση των Ορχομενίων για τη μουσική και την ποίηση, κάτι που δεν είναι καινούριο στον Ορχομενό αφού χρονολογείται από τους προϊστορικούς ακόμα χρόνους.
                                                                                                          

   Έτσι ο Ορχομενός ζει ήσυχα και ειρηνικά για μεγάλο χρονικό διάστημα, εμπνέοντας σεβασμό στους φίλους του και φόβο σε όσους εποφθαλμιούν την πλούσια γη του. Οι Ορχομένιοι, φορείς ανώτερου και πανάρχαιου πολιτισμού, κατορθώνουν και επιβάλλονται στους κατακτητές τους σε ότι αφορά θρησκευτικά ζητήματα και πετυχαίνουν την ελεύθερη αναγνώριση της λειτουργίας των μαντείων και της θρησκείας των Μινυών. Η καλλιέργεια της γόνιμης πεδιάδας φέρνει στον Ορχομενό πλούτο και αυτή η ευημερία προτρέπει σε αναζήτηση νέων ηθικών και υλικών απολαύσεων.

   Τα εκλεκτά άλογα των ιπποφορβείων του Ορχομενού τον κάνουν πρωταγωνιστή των ιπποδρομιών και αρματοδρομιών τόσο σε τοπικούς όσο και σε Πανελλήνιους αγώνες. Τα επίθετα που συνοδεύουν τον Ορχομενό στην μακραίωνη ιστορία του, είναι "πλύξιππος" ( κατά τον Ορχομένιο ποιητή Χερσία) και "καλίπωλος" (κατά τον Πίνδαρο στον ύμνο που έγραψε για τον Ορχομένιο Ολυμπιονίκη Ασώπιχο). Είναι χαρακτηριστικό το ότι ο Ορχομενός είχε πάντοτε ολιγαρχικό πολίτευμα, ιδίωμα των πόλεων που στήριζαν τη δύναμή τους στο ιππικό, κατά τον Αριστοτέλη.

   Σε όλη αυτή λοιπόν τη μακρά διάρκεια ο αρχαίος πολιτισμός εξακολουθεί να ακμάζει στον Ορχομενό. Η συστηματική καλλιέργεια  του Βοιωτικού κάμπου, η γεωργία, η κτηνοτροφία αλλά και το εμπόριο (κυρίως ναυτικό) είναι πηγές πλούτου και άνθησης για τον Ορχομενό. Τα ψάρια και κυρίως τα ξακουστά χέλια από τη λίμνη Κωπαίδα και τους ποταμούς Μέλανα και Κηφισσό εξάγονται σε μεγάλες ποσότητες. Εξάγονται επίσης βόδια στην αγορά των Αθηνών, ενώ και το κηνήγι είναι άφθονο στην περιοχή του Ορχομενού.

    Έχουν έτσι οι Ορχομένιοι την οικονομική δυνατότητα να προσλαμβάνουν στα σπίτια τους παιδαγωγούς για να διδάσκουν στα παιδιά τους γραφή, ανάγνωση και μουσική. Υπάρχουν επίσης γυμναστήρια όπου διδάσκονται κυρίως στρατιωτικά γυμνάσματα. Οι τέχνες βρίσκονται σε άνθηση, μετά τον 8ο π.Χ. αιώνα κυρίως, και ιδιαίτερα η αγγειοπλαστική.

   Όλα αυτά έχουν σαν αποτέλεσμα οι κατακτητές από τη Θεσσαλία που εγκαταστάθηκαν στον Ορχομενό, να αποβάλλουν τα πρωτόγονα ένστικτά τους και να αφομοιώσουν τα ήθη και έθιμα και κυρίως τη νοοτροπία των παλαιών κατοίκων, των Μινυών και Αθαμαντίδων.
                                                                                                          

   Η ανάπτυξη όμως αυτή του Ορχομενού επιφέρει το φθόνο των γειτόνων του. Η Θήβα αρχηγεύει μεν της Βοιωτίας αλλά υποβλέπει τη χλιδή και τον πολιτισμό των Ορχομενίων. Έτσι στους ιστορικούς χρόνους που ακολουθούν μετά το 510 π.Χ., αρκετές φορές προβαίνει σε φοβερές αγριότητες κατά της πόλης του Ορχομενού και των κατοίκων της. Αυτό βέβαια δεν είναι πρωτόγνωρο. Η αντιπαλότητα αυτή διαρκεί από την ηρωϊκή ακόμα εποχή που οι Θηβαίοι, μετά από δική τους πάλι πρόκληση, ήταν υποτελείς και πλήρωναν φόρο στον Ορχομενό (λεπτομέρειες στο θέμα ΜΥΘΟΛΟΓΙΑ-Ο Ηρακλής).
                                                                                                          

   Για τη διοικητική οργάνωση του Ορχομενού σώζονται έμμεσες πληροφορίες αφού χάθηκε το έργο του Αριστοτέλη ¨Ορχομενίων Πολιτεία¨.

   Την εξουσία στον Ορχομενό είχαν ο επώνυμος άρχοντας, οι πολέμαρχοι, οι γραμματείς, οι ταμίες, οι κατόπτες, οι ιεράρχες, ο σύνδικος κ.α. Από επιγραφές που βρέθηκαν γνωρίζουμε ότι κατά τον 5ο π.Χ. αιώνα είχαν επικρατήσει ολιγαρχικοί και είχαν σχηματιστεί τέσσερις βουλές.
Κατά τους Ελληνιστικούς χρόνους κυριαρχούσε ο ¨Δάμος¨.