Στα χρόνια του Τρωϊκού πολέμου (1194 - 1184 π.Χ. κατά τον Ερατοσθένη), ο Ορχομενός δεν είχε την παλιά του δόξα αλλά διατηρούσε την ναυτική του δύναμη. Ο Όμηρος στον "Νηών κατάλογον" αρχίζει από τη Βοιωτία θέλοντας να δώσει εξέχουσα θέση στους θαρραλέους και τολμηρούς Βοιωτούς θαλασσοπόρους. Κι ενώ όλες οι υπόλοιπες 33 πόλεις της Βοιωτίας πήραν μέρος με 50 καράβια, ο Ορχομενός μόνος του ξεκίνησε με 30 καράβια.
Εκείνοι πάλι που κατοικούσαν στην Ασπληδόνα και στον Ορχομενό των Μινυών, είχαν αρχηγούς τον Ασκάλαφο και τον Ιάλμενο...
Δικά τους λοιπόν τριάντα βαθουλωτά καράβια είχαν παραταχθεί.
Οι Ασκάλαφος και Ιάλμενος βασιλιάδες του Ορχομενού ήταν, κατά τον Όμηρο, γιοί του Άρη που γέννησε η παρθένα Αστυόχη στο παλάτι του Άκτορα, του γιού του Αζέα. Οι Ορχομένιοι αρχηγοί δεν γύρισαν από τον πόλεμο. Έπεσαν ηρωϊκά μαχόμενοι, ο δε Ασκάλαφος σκοτώθηκε από τον Διήφοβο.
Μπορεί ο Ορχομενός κατά τα χρόνια του Τρωϊκού πολέμου να μην είχε την παλιά του δόξα, αλλά εξακολουθούσε να είναι πλούσιος και ισχυρός. Είναι χαρακτηριστικό το ότι ο Όμηρος τον συγκρίνει με τις Μυκήνες και τις Θήβες της Αιγύπτου.
Όταν ο Αχιλλέας λογομάχησε με τον Αγαμέμνονα για την Βρησηίδα και ο τελευταίος έστειλε δώρα για να τον εξευμενίσει, ο Αχιλλέας απαντάει:
ούτε όσα πλούτη πηγαίνουν στον Ορχομενό,
ούτε όσα στις Θήβες της Αιγύπτου,
... κι αν μούδινε δεν θα μαλάκωνε την καρδιά μου".
Και μετά την άλωση της Τροίας ο Ορχομενός διατήρησε την ναυτική του δύναμη. Εξακολούθησε να συμμετέχει στην αμφικτιονία της Καλαβρίας και να εμπορεύεται με τους Αιγαίους, τους Κρήτες και τους Χετταίους.