Χρονολογία κτίσης και ονομασία
Η χρονολογία κτίσης και ο κτήτορας είναι απόλυτα διευκρινισμένα. Οι Βυζαντινοί όταν έχτιζαν κάτι, δεν έβαζαν ούτε το όνομά τους, ούτε πότε το έχτιζαν. Εδώ ο κτήτορας σε τέσσερα σημεία, τοποθέτησε κτητορικές επιγραφές στις οποίες αναφέρεται η ακριβής χρονολογία του κτίσματος, όπως και το όνομα του κτήτορα. Η κυρίως κτητορική επιγραφή που περιζώνει εξωτερικά όλη την κόγχη του ιερού βήματος της Παναγίας αναφέρει ανορθόγραφα:
Η κυρίως κτητορική επιγραφή.
ΕΠΗ ΒΑCΙΛΙΟΥ ΚΑΙ ΚΩΝCΤΑΝΤΙΝΟΥ ΚΑΙ ΛΕΩΝΤΟC ΤΩΝ ΘΗΩΤΑΤΩΝ ΒΑCΙΛΕΩΝ ΤΩΝ ΡΩΜΕΩΝ, ΠΑΝΑΓΗΑ ΘΕΟΤΩΚΕ, CΥΝ ΤΟ ΜΟΝΩΓΕΝΗ CΟΥ ΙΥΩ, ΒΟΗΘΙ ΤΟΥ CΟΥ ΔΟΥΛΟΥ ΛΕΩΝΤΟC ΒΑΣΙΛΗΚΟΥ ΠΡΟΤΩCΠΑΘΑΡΙΟΥ ΚΕ ΕΠΗ ΤΟΝ ΟΙΚΗΑΚΩΝ CΥΝ ΤΙ CΥΝΕΥΝΩ ΚΕ ΤΥC ΦΙΛΤΑΤΥC ΤΕΚΝΥC ΑΥΤΟΥ ΤΟΥ ΕΚ ΠΟΘΟΥ ΚΑΙ ΠΗCΤΕΟC ΜΕΓΙΣΤΙC ΑΝΑCΤΙΣΑΝΤΟΣ ΤΟΝ CΟΝ ΑΓΙΩΝ ΝΑΟΝ. ΑΜΗΝ.
Είναι οι αυτοκράτορες Βασίλειος ο Α΄ ο Μακεδών και τα δυο παιδιά του, ο Κωνσταντίνος και ο Λέων ο Στ΄ο Σοφός, οι οποίοι ήταν συνάρχοντες με τον πατέρα τους. Ο Βασίλειος ο Α΄ ανήλθε στον βασιλικό θρόνο του Βυζαντίου το 867 μ.Χ. Η Βυζαντινή αυτοκρατορία ήδη από τα χρόνια των Ισαύρων είναι διαιρεμένη σε πολλές επαρχίες, τα θέματα. Ο αξιωματούχος του Βυζαντίου Λέων ο Πρωτοσπαθάριος, επίτροπος της βασιλικής περιουσίας και διαχειριστής των βασιλικών κτημάτων, διορίζεται διοικητής του θέματος της Ελλάδας, που είχε τότε πρωτεύουσά του τη Θήβα της Βοιωτίας. Η παράδοση αναφέρει ότι η Παναγία έκανε κάποιο θαύμα στην άρρωστη γυναίκα του Λέοντα κι εκείνος, θέλοντας να ευχαριστήσει τη Θεοτόκο, πάνω στα ερείπια παλαιχριστιανικού ναού, έκτισε ένα μεγαλόπρεπο τρισυπόστατο ναό, σκεπάζοντας δηλαδή κάτω από μία σκεπή τρεις εκκλησίες (ο ναός έχει τρεις Αγίες Τράπεζες). Τον θαυμάσιο αυτό ναό ο Λέων τον αφιέρωσε στην Κοίμηση της Θεοτόκου, στον Απόστολο Πέτρο και στον Απόστολο Παύλο. Η ανέγερση του ναού ολοκληρώθηκε το 874μ.Χ. Οι προαναφερόμενοι αυτοκράτορες κάποια στιγμή, παραιτήθηκαν από το θρόνο και έγιναν μοναχοί και γι΄αυτό τους αναφέρει και το συνοδικό της Ορθοδοξίας.
Ο Λέων για να χτίσει το ναό χρησιμοποίησε υλικά από τον παλαιοχριστιανικό ναό, που ήταν ακριβώς στην ίδια θέση, αλλά και από τα άλλα προχριστιανικά μνημεία του Ορχομενού που υπάρχουν άφθονα στην ίδια περιοχή. Ο ναός είναι γνωστός με την ονομασία "Παναγία της Σκριπούς" ή "Παναγία η Σκριπού".
Δεν γνωρίζουμε με βεβαιότητα από που προέρχεται η περίεργη ονομασία Σκριπού. Πιθανόν να προέρχεται από την λατινική scriptus - scripta που σημαίνει γραμμένος - γραμμένη, λόγω του μεγάλου πλήθους των επιγραφών που είναι εντοιχισμένες εσωτερικά και εξωτερικά στο ναό. Οι επιγραφές αυτές, είτε είναι βυζαντινές, είτε είναι προχριστιανικές, επάνω σε πέτρες χρησιμοποιήθηκαν σαν αγκωνάρια για την ανέγερση του ναού.
Για παράδειγμα μέσα στο ναό, δίπλα στην καμάρα που μπαίνουμε από τον πρόναο στον κυρίως ναό, υπάρχει μια επιγραφή που μιλάει για τις τρεις Χάριτες, τις αρχαίες θεότητες. Αναφέρει ότι έγιναν οι μουσικοί αγώνες προς τιμήν των Τριών Χαρίτων απέναντι στο ωδείο, και ποιοι κέρδισαν τα βραβεία. Μια άλλη αρχαία επιτύμβια στήλη εντοιχισμένη εξωτερικά αναφέρει: "Αθηνόδωρε, Αριστέα, Χαίρε".
Η φήμη της εκκλησίας ήταν τόσο μεγάλη που, για ένα μεγάλο χρονικό διάστημα, σταμάτησε να χρησιμοποιείται το όνομα Ορχομενός και η γύρω περιοχή ονομάστηκε Σκριπού από το όνομα της εκκλησίας. Ενώ λοιπόν, όταν κτίστηκε η εκκλησία η περιοχή εξακολουθούσε να λέγεται Ορχομενός, στα υστεροβυζαντινά χρόνια και στα χρόνια της Τουρκοκρατίας, δεν αναφερόταν πια το όνομα Ορχομενός, αλλά η περιοχή ήτανε γνωστή ως Σκριπού. Η ονομασία «Σκριπού» υποκαθιστά για πρώτη φορά την ονομασία «Ορχομενός» σε χάρτη της Βοιωτίας κατά την Φραγκοκρατία, ενώ εμφανίζεται και σε χρυσόβουλο λόγο του Κομνηνού Δούκα Αγγέλου το 1272.
